重庆市新冠病毒监测工作方案

（2023年第一版）（修订版）

根据国务院联防联控机制疫情防控组《全国新冠病毒感染疫情监测预警工作方案》要求，为进一步加强全市新冠病毒感染疫情监测工作，结合我市实际情况，制定本方案。

一、监测目的

及时动态掌握我市人群感染发病水平、变化趋势和新冠病毒变异株情况，科学研判和预测疫情规模、强度和流行时间，为疫情防控提供技术支撑。

二、监测内容和方法

新冠病毒感染疫情监测采取常规与应急监测、哨点与人群监测、输入与本土疫情监测相结合策略。应急监测适用于疫情流行期，常规监测在零星散发期和疫情流行期均需开展。疫情流行期是指人群感染达到一定水平，即每周哨点医院门（急）诊流感样病例数占就诊人数的百分比大于2.5%、连续3日发热门诊（诊室）患者中新冠病毒阳性检出率大于10%，且呈上升趋势，对社会运行和医疗服务体系造成一定程度冲击的时期。零星散发期是指上一波疫情流行基本结束，但在局部地区仍有零星散发的感染者，疫情对正常医疗秩序和社会运行不会造成冲击的时期。

（一）常规监测

1.病例报告

全市各级各类医疗机构严格按照《传染病防治法》《传染病信息报告管理规范（2015年版）》要求，落实首诊负责制，加快病毒株的实验室检测，原则上从实验室采样到出具检测结果不超过24小时，最大限度地缩短诊断时间和报告时间。一旦诊断新型冠状病毒确诊病例和无症状感染者应在24小时内通过中国疾病预防控制信息系统进行网络直报。医疗机构根据病情变化24小时内订正临床分型，病例出院后24小时内填报出院日期，病例死亡后24小时内填报死亡日期和死因诊断。各区县疾控中心加强辖区内报告感染者情况进行审核，核对无误后于24小时内完成网络审核。

对发现的重症（含危重症）、死亡病例和其他特殊病例，病例报告所在区县疾控中心在相关部门的配合下，72小时内完成基本信息、发病就诊和入院情况，新冠病毒感染监测情况，既往病史和既往感染的调查；收治报告病例的医疗机构，在病例出现临床结局（出院或者死亡）后72小时内完成住院后治疗情况、并发症及临床结局相关内容的调查；病例报告所在区县疾控中心，在病例出院后14天完成出院病例随访信息调查。相关个案信息由病例报告所在区县疾控中心汇总后，通过中国疾控中心开发的“新冠病毒感染流行病学调查信息系统”进行信息填报。市疾控中心要加强审核和督促指导。

2.发热门诊（诊室）监测

各级各类医疗机构每日10时前，将前一日0～24时医疗机构发热门诊诊疗量、核酸或抗原检测人数、检测阳性数等三项统计数，通过中国疾病预防控制信息系统“新冠疫情基本情况统计”模块中“住院和发热门诊信息报告”进行相关信息的填报。

3.流感样病例监测

依托全国流感监测网络哨点医院进行新冠病毒哨点监测，拓展哨点医院范围，覆盖全市所有区县（包括两江新区、高新区）。

（1）哨点布局

哨点医院布局：7家国家级哨点医院，即重医附一院、重医附属儿童医院、重医附属永川医院、重大附属三峡医院、黔江中心医院、重大附属涪陵医院、巴南区人民医院等7家国家级流感监测哨点医院；35家市级哨点医院，除万州区、涪陵区、黔江区、渝中区、巴南区、永川区等6个区县外，其余35个区县（含两江新区、高新区）在本辖区内选择1家规模及影响力较大的公立医疗机构，原则上选择辖区内人民医院或中心医院。

哨点实验室布局：7个国家级网络实验室，即渝中区、渝北区、巴南区、永川区、黔江区、涪陵区、万州区疾控中心；2个市级区域实验室，即江津区、合川区疾控中心；区县级实验室，即其余区县疾控中心。

（2）监测范围

各哨点医院在门急诊设置监测科室（综合医院所有内科门诊、内科急诊、发热门诊和儿内科门诊、儿内科急诊，儿童医院为所有儿内科门诊、儿内科急诊和发热门诊），按照《全国流感监测方案（2017年版）》要求开展流感样病例监测、及时网络报告流感样病例（ILI）监测数据，并采集、运送ILI样本。每家哨点医院每周采集10～40份ILI样本，全年平均每周采集20份。

（3）实验室检测要求

各级实验室对哨点医院采集送检的ILI样本，在检测流感病毒时，应同步开展新冠病毒核酸检测。

（4）数据报送要求

所有哨点医院门急诊监测科室需每日收集、填写就诊流感样病例中新冠病毒核酸或抗原检测情况（附件1-1）。7家国家级哨点医院住院患者监测科室（呼吸内科、儿童内科、感染科、ICU 病房）需每日收集、填写相关入院、住院病例监测信息（附件1-2、1-3、1-4）。

所有哨点医院需于每周一18:00前将上一周相应附件的数据汇总后报送至辖区疾控中心，疾控中心对数据进行审核后于每周一24:00前报送指定邮箱。

4.重点人员及重点机构监测

（1）入境人员监测

对申报有发热等症状的入境人员、健康申报阳性人员、检疫发现异常的入境人员，均要进行现场抗原检测，同时采集呼吸道标本（口咽拭子）开展核酸检测。对健康申报正常且海关口岸常规检疫无异常者，按照2%～5%的比例采集呼吸道标本（口咽拭子）开展核酸检测。海关所属国际旅行卫生保健中心、哨点医院和发热门诊等对入境后7天内进行健康检查或就诊的人员经评估后进行核酸检测，对符合测序要求的核酸阳性样本进行基因组测序。

（2）养老机构监测

在中心城区选择2家养老院每周进行2次症状监测、核酸或抗原检测等，并按要求报送监测数据（附件2）。各区县尽可能采集辖区内养老院、社会福利院等重点场所中的核酸检测阳性标本（Ct值≤32）开展基因测序。疫情流行期间，按照要求开展核酸或抗原检测。

（3）学生症状监测

中心城区各区选择1所小学和1所中学每天开展发热、干咳等新冠病毒感染症状监测，根据需要在当地卫生健康部门指导下进行核酸和抗原检测，并按要求报送监测数据（附件3）。动态分析中小学生新冠病毒感染变化趋势。

（4）其他重点人员监测

卫生健康、邮政等部门分别对医疗机构医护人员、快递行业工作人员等重点场所人群开展健康监测，交通运输等部门配合疾控部门指导港口企业、引航机构做好登临国际航行船舶作业人员健康监测，海关、移民等部门对口岸工作人员开展健康监测。

5.病毒变异监测

（1）哨点布局

重医附一院、重医附属儿童医院、重医附属永川医院、重大附属三峡医院、黔江中心医院、重大附属涪陵医院、巴南区人民医院、市公卫中心等8家医院作为国家级哨点医院，全市所有二级以上医疗机构作为市级哨点医院开展新型冠状病毒变异株监测。

（2）监测内容

对重庆海关、哨点医院和各级医疗机构发现的入境人员，所有新冠病毒感染重症（含危重症）及死亡病例，变异株哨点医院监测、重点场所和重点人群、聚集疫情等多途径发现的新冠病毒核酸检测阳性样本（Ct值≤32）。

（3）监测对象

新冠病毒核酸或抗原检测阳性人员，包括具有发热（体温38℃以上）或急性呼吸道感染症状（咳嗽、咽喉痛、气短、流涕等1种或多种症状）病例，以及重症（含危重症）、直接死亡、再次感染、免疫功能低下等病例。

（4）有关要求

①任务要求。每个国家级哨点医院每周采集15例门急诊新冠病例、10例新冠病毒重症病例（含危重症）和所有因新冠感染死亡病例核酸阳性样本（Ct值≤32）；若重症病例数量较少，应采集全部新冠病毒重症病例核酸阳性样本（Ct值≤32）。全市所有二级以上医疗机构对住院新冠病毒核酸阳性人群开展监测，原则上每家医院每周采集至少10份住院病例新冠病毒核酸阳性标本（Ct值≤32）。测序样本要具有代表性，其中65岁以上年龄组样本占10%以上，患有艾滋病和结核病、肿瘤、放化疗、长期使用免疫抑制剂等免疫功能低下人群样本占10%以上。

②样本采集和信息填报要求。每个哨点医院每周根据任务要求采集新冠病毒核酸检测阳性(Ct值≤32)样本。测序样本应记录病例的姓名、性别、居住地、临床症状、诊断日期、采样日期等信息（附件4）。对于患有艾滋病和结核病的新冠病毒感染者，检出阳性后每周采集1～2次样本，直至核酸检测Ct值>32时停止采样。

③样本采集优先顺序。优先对再次感染、无基础性疾病的16～60岁人群出现严重疾病、发病前1周内有境外旅居史的病例进行采样。对于新型变异株的核心密接、聚集性疫情的首发或早期病例、与早期病例有流行病学关联的关键病例、重症和死亡病例，以及新冠病毒感染后临床特征、流行特征发生异常变化的典型病例，应优先和扩大采样。对确需保存的样本，可采集感染性样本，并按照国家相关要求进行管理，及时送交具备保存条件的机构，或者送交保藏机构。

④送样及检测要求。各区县疾控中心每周分2次（每周三16:00前、每周五16:00前）将辖区内已收集的合格样本（Ct值≤32）送至市疾控中心指定的基因测序实验室及时开展新冠病毒全基因组测序工作。万州区负责万州流感网络实验室片区（含万州、梁平、忠县、开州、云阳、奉节、城口、巫溪、巫山共9个区县）的标本基因测序；渝中区负责渝中流感网络实验室片区（含渝中、南岸、九龙坡、沙坪坝4个区）内相关单位送检标本的基因测序,渝北区负责渝北流感网络实验室片区（含渝北、江北、北碚、长寿4个区）内相关单位送检标本的基因测序；其余各区县的标本及入境人员样本送市疾控中心组织开展基因测序。

对拟开展基因测序的样本要在采样完成后72小时内送到测序实验室，基因测序实验室应在接收样本后72小时内完成基因测序工作。对于新发生的新冠病毒感染聚集性疫情或者新冠病毒感染 后临床特征、流行特征发生异常变化的病例，要在24小时内完成采样、核酸检测并送到测序实验室，基因测序实验室应在接收样本后48小时内完成基因测序工作。市疾控中心将测序结果按时报送中国疾控中心，每周进行病毒变异株分析研判，形成分析报告，报市卫生健康委和中国疾控中心。

若发现新型变异株，按照属地管理原则，由发现新型变异株所在区县的疾控中心对感染者开展流调工作。新冠病毒新型变异株流行病学调查方案详见附件5。

6.新冠病毒污水监测

（1）生活污水监测

选择鸡冠石污水处理厂、茶园污水处理厂、悦来污水处理厂、蔡家污水处理厂、鱼洞污水处理厂等5个污水处理厂开展污水中新冠病毒监测工作。由辖区疾控机构或经培训的污水处理厂人员进行采样，送市疾控中心或指定疾控机构，进行新冠病毒核酸检测，必要时对符合测序条件的阳性样本进行基因测序。原则上监测频次为2次/周（每次间隔两天及以上），分别为：每周星期日、星期三开始采集24小时水样，每周星期一、星期四上午12：00点将采集好的水样运送至新冠病毒检测实验室（市疾控中心）。监测频次根据新冠病毒感染流行情况进行调整。新冠病毒感染处于快速发展期时，应增加监测频次。

（2）入境航空器污水监测

机场每周任意抽取3个航班，采集入境航空器污水和下客通道环境样本开展新冠病毒监测。样本采集、检测等工作由机场和渝北区疾控中心共同负责，对符合条件的阳性样本要及时进行基因组测序。

7.聚集性疫情监测

聚集性疫情指一个单位或机构内在较短时间出现异常增多感染者。同一养老机构、社会福利机构等重点机构一周内出现5例及以上感染者为聚集性疫情，同一学校、托幼机构或其他集体单位一周内出现10例及以上感染者为聚集性疫情。发生聚集性疫情时应立即报告行业主管部门（附件6），后期持续关注，原则上每周报1次聚集性疫情进展情况。聚集/暴发疫情中采集的病例呼吸道标本，需同时开展流感和新冠两种病毒的核酸检测。对新冠病毒核酸阳性标本，若Ct值≤32，要开展基因测序工作。

（二）应急监测。

1.核酸和抗原检测监测

利用全市新冠病毒核酸检测信息系统收集报告人群核酸检测情况；依托市大数据发展局渝康码抗原信息自主报告系统，每日收集居民自行抗原检测数及阳性数。动态分析人群感染和发病情况。抗原信息自主报告系统建立前，可依托社区报告方式逐级汇总报告相关数据（附件7），由区县统一汇总后报市疫情防控组。

2.医疗机构在院病人监测

全市二级以上医疗机构和亚定点医院应于每日9时前，将截至前一日24时机构内的现有新冠病毒感染住院病例数、因新冠病毒感染导致的重症病例数和危重症病例数、因基础性疾病导致的重症（含危重症）病例数及重症空床数等住院信息报告，通过中国疾病预防控制信息系统“新冠疫情基本情况统计”模块中“住院和发热门诊信息报告”填报住院信息。

3.社区人群哨点监测

选择渝中区、永川区、石柱县等3个区县作为国家级监测点，巫溪县、秀山县等2个区县作为市级监测点，开展社区人群队列监测。每周对队列人群进行新冠病毒核酸或抗原检测，对临床症状、就医行为和住院情况等开展调查，用于评估人群感染水平、监测疫情变化趋势。同时，市疫情防控组根据疫情防控形势适时调整监测范围。

4.网络专项调查

通过互联网开展问卷调查，调查内容包括核酸和抗原检测结果、阳性持续时间、临床症状、用药及就医行为等，用于评估人群感染水平、症状发生率和疫情传播情况。根据需要，开展互联网关键词搜索监测，包括对疾病名称、症状、药品等相关信息的搜索趋势变化。

三、风险评估与预警发布

（一）风险评估。

基于监测发现的风险信号，各区县疾控机构及时组织现场调查和实验室检测，了解感染来源、波及范围、病毒变异株等情况，组织多领域专家，开展风险评估，及时发现风险苗头，提出工作建议。必要时边核实、边评估，提升预警和应对时效性。主要风险信号包括以下四类：

1.病毒变异。（1）全市在输入病例中首次发现境外新变异株进化分支；（2）全市在本土病例中首次发现境外新变异株进化分支；（3）全市一周内在本土病例中发现5例及以上境外新变异株的同一进化分支；（4）境内发现新变异株，或者发现可能增强传染性、致病力、免疫逃逸能力的突变株；（5）主要流行株构成发生变化。

2.聚集性疫情。（1）以区/县为单位，一周内报告3起及以上的聚集性疫情；（2）医疗机构、养老机构、社会福利机构、学校等重点场所聚集性疫情；（3）重点关注的变异株或新变异株引起的聚集性疫情；（4）流行病学或临床特征发生变化的聚集性疫情。

3.趋势变化。（1）以区/县为单位，发热门诊就诊人数连续3天增长，日均增幅超过10%；（2）以区/县为单位，发热门诊就诊人群核酸和/或抗原检测率连续3天增长，日均增幅超过10%; （3）以市为单位，哨点医院门（急）诊就诊病人中的流感样病例占比连续2周上升，周均增幅超过10%; （4）以市为单位，哨点医院流感样病例中的新冠病毒检测阳性连续2周上升，周均增幅超过10%，或单周增幅超过15%; （5）以市为单位，连续2周污水新冠病毒检测阳性率保持上升趋势，且周均增幅超过30%；或连续2周病毒浓度呈指数上升趋势。

4.医疗负荷。疫情流行期间，（1）发热门诊日就诊人数达到最大接诊量70%，或重症床位、重症监护室床位使用率达到70%;（2）新冠病毒感染住院人数和重症人数等持续增多；（3）哨点医院新冠阳性住院严重急性呼吸道感染病例持续增多；（4）医务人员短期内新增感染病例持续增多。

（二）预警发布。

各区县疾控中心根据上述风险信号评估结果，提出风险管理 建议，及时向当地卫生健康行政部门报告。区县卫生健康行政部门向属地疫情防控指挥部报告，提出预警决策建议。区县卫生健康行政部门发现预警信号时，要及时向市级卫生健康行政部门报告预警信号和应急处置情况。市级卫生健康行政部门根据需要依法向社会发布监测情况和健康风险提示。

四、组织实施

（一）明确职责分工。全市监测工作由市疫情监测预警和态势研判工作专班负责，区县参照成立监测预警和态势研判工作专班，负责完成有关监测工作和信息报告工作。

（二）加强统筹协调。各区县要统筹谋划，加强组织，落实经费保障，加强部门联动，按时报送信息。乡镇（街道）、村（社区）要积极动员，配合监测调查工作。

（三）强化人员培训。市疾控中心要加强全市新冠病毒感染疫情监测预警工作的人员培训和技术指导，各区县要组织开展本辖区内人员培训，确保信息报送及时、完整、准确。

（四）提高报送质量。应急监测期间，市疾控中心每日形成监测分析报告；常规监测期间，市疾控中心每周形成监测分析报告报市疫情防控组。各区县要切实提高监测信息和数据报送时效性和准确性。市疫情防控组将各区县监测工作落实情况纳入疫情防控工作日常考核内容，同时对未按时完成、数据错漏多的区县进行通报，责令整改。

附件：1.哨点医院新冠病毒感染监测每周报表

2.养老机构、福利机构新冠病毒感染监测情况表

3.学校新冠病毒感染监测情况表

4.新型冠状病毒变异监测样本信息

5.新冠病毒新型变异株流行病学调查方案

6.新冠病毒感染聚集性疫情监测情况表

7.普通人群新冠病毒感染抗原检测监测情况表